En su segunda etapa en (ARQUA) ha trabajado en el acondicionamiento de las instalaciones y la restauración de las monedas del tesoro de la fragata Nuestra Señora de las Mercedes, recuperadas por el Estado tras un largo pleito en Estados Unidos frente a la compañía cazatesoros Odyssey Marine Exploration
En los últimos tiempos Iván Negueruela Martínez se ha interesado por la Edad Media en la Región de Murcia, publicando obras de divulgación en las que trata su teoría acerca de la existencia de una alcazaba musulmana previa al castillo de la Concepción de Cartagena, y los acontecimientos que desembocaron en el traslado de la sede episcopal de la Diócesis de Cartagena a Murcia en el siglo XIII.
Entre otros menesteres, Negueruela consagró el periodo entre el año 2000 y 2015 al estudio de una serie de vestigios arqueológicos fechados en la época púnica de Cartagena y hallados en el cerro del Molinete –Arx Asdrubalis en su denominación latina–, una de las colinas fundacionales de la ciudad. Dichos vestigios han sido señalados por el investigador como relativos al palacio que el general Asdrúbal el Bello habría hecho construir en la entonces capital de sus dominios en la península ibérica, según testimonios recogidos por el historiador griego Polibio.
