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Inauguración y primera época

Cierre, abandono y polémica

Rehabilitación y reapertura

Rehabilitación y reapertura.- Siendo alcalde Valentín Niño, se encargó de su rehabilitación el arquitecto José María Pérez, Peridis. Y así el Principal volvió a abrir sus puertas como teatro el 7 de julio de 1997 (dos años después de iniciadas las obras) con un concierto de reapertura que presidió la Infanta Cristina, en el que Rafael Frühbeck de Burgos dirigió a la Orquesta Sinfónica de Madrid y al Orfeón Donostiarra.
Los trabajos abarcaron todos los espacios escénicos y demás dependencias, como el Salón Rojo, la sala de Polisón y el restaurante cafetería Pinedo que funcionó en los bajos del inmueble desde 1949 a 1995. Quedaron integrados en el conjunto los locales de la fachada que da al Espolón que durante décadas funcionaron como establecimientos comerciales. Fueron recuperados muchos de los elementos ornamentales del antiguo edificio, como sofás, sillas y las telas pintadas del taller de Zuloaga. En el exterior y una vez restaurada volvió a colocarse la artística puerta de nogal del Salón de Recreo y el popular reloj que los burgaleses conocen como "el morito". El edificio creció en aforo y en altura, ya que se construyó una planta más que en principio iba a ser destinada a albergar la biblioteca central de la Universidad.
Tras su rehabilitación -que tuvo un coste de 1.600 millones de pesetas aportados por el Ayuntamiento de Burgos, Ministerio de Fomento, Junta de Castilla y León y Ministerio de Cultura- las dependencias acogen los especios escénicos, en los que se lleva a cabo una programación estable de música, danza y teatro, además de las dependencias del Instituto Municipal de Cultura, oficina de turismo, sala de conferencias en el Polisón, salón de recepciones en el Salón Rojo, sala de exposiciones y biblioteca municipal. El Principal acoge parte de los conciertos que programa la Sociedad Filarmónica de Burgos y en julio de 2000 fue escenario del primer Estío Musical Burgalés que abrieron la Orquesta Clásica de Madrid y el Coro Nacional de España