La historia comienza tres años después del idílico retiro de Nathan. Inesperadamente aparece su hermano, al que daba por muerto desde hacía años, para pedirle ayuda, para encontrar el tesoro que soñaron en su infancia. Es una historia de emociones complejas pero con la acción, los piratas, y los tesoros que han hecho famosa la saga. El todoterreno, el látigo o el sigilo como táctica de combate, son nuevas opciones que pasan a ser clave en el juego.