Una de las joyas poco conocidas de la cooperación española es su biblioteca. Con un millón de documentos, guarda la memoria de nuestra experiencia de ayuda exterior, pero también conserva y actualiza 85 años de relación cultural con América Latina y el mundo árabe-islámico, las tres ramas de una biblioteca con unas 400 visitas presenciales al mes, que consultan una quincena de piezas al día, además de unas 100.000 entradas virtuales al año en su blog "La Reina de los Mares". Su catálogo completo -de las piezas físicas y virtuales- se puede consultar por internet en su web, pero la colección islámica conserva una importante colección de manuscritos del siglo XVI al XIX, así como de la diáspora Palestina, mientras entre las joyas hispanas conserva un histórico mapa del Perú de 4x4 metros o la colección Flora Mutis o catalogación de 35.000 especies de plantas, de la expedición científica de finales del siglo XVIII a la actual Colombia y Ecuador.
