Guerra i èxode

La guerra civil esclata el 18 de juliol de 1936 i el Barcelona patirà greus conseqüències. El 6 agost 1936 el president Josep Sunyol és detingut i afusellat a la serra de Guadarrama, prop de Madrid. El club queda en mans dels empleats, entre els quals destaca Rossend Calvet, que aconsegueix l'ajuda de tres ex-directius i tanca tots els detalls d'una oportuna gira per Amèrica que reportarà 12.000 $. Calvet els diposita en un banc de París. 

Diversos jugadors (Ventolrà, Iborra) decideixen quedar-se a Mèxic i altres (Balmanya, Escolà) es queden a França. 

La nit del 16 març 1938 una bomba destrueix el local social, al carrer Consell de Cent, amb trofeus, papers, llibres i records. El conserge, Josep Cubells, passa els dies següents recuperant tot el que pot i aconsegueix salvar part dels arxius del club. 

Durant la guerra, les competicions oficials s'aturen però s'arriben a disputar dues edicions no oficials del Campionat de Catalunya (el Barcelona guanya la de 1937-38), una Lliga Catalana (que també porta el Barcelona) i una Lliga Mediterrània, en què els blaugranes s'imposen a equips catalans i valencians. 

Poc abans d'acabar la guerra, el club amb prou feines arriba als 2.500 socis. 

L'1 d'abril de 1939 el general Franco anuncia la fi de la guerra.