Juan Flores, de 20 años y natural de Barcelona, era el mayor de seis hermanos de una familia originaria de Córdoba. En julio habría cumplido 21 años. Trabajaba en hostelería, aunque por las noches estudiaba banca. Hizo la instrucción del servicio militar en Cartagena y más tarde le destinaron a El Ferrol y a Fuenterrabía. Cuando se produjo el atentado ya había cumplido la mitad del servicio militar y esperaba poder volver a Barcelona con su familia y su novia.

Juan y el marinero Antonio Martínez Abella estaban de guardia a bordo de la lancha PVI-19, anclada cerca de la orilla, en la desembocadura del río Bidasoa. A las 3:15 horas, la explosión de una potente bomba, colocada debajo de la embarcación, provocó que se inundara y se hundiera en cuestión de minutos. Martínez tuvo tiempo de saltar al agua y pudo llegar a la orilla a nado, pero Flores quedó atrapado dentro de la lancha y murió. La bomba fue colocada por un grupo denominado “Gataska”, una facción de los Comandos Autónomos Anticapitalistas.